På den anden side medfører regulering også byrder og omkostninger, som man ønsker at minimere. Det er omkostninger hos myndigheden, der skal føre kontrol og tilsyn med reguleringen, og hos virksomhederne, som reguleringen vedrører. Opnåelsen af målene med reguleringen kan også påvirke markedernes effektivitet og det kan udgøre en særskilt udfordring at balancere mål med at åbne for nye forretningsmæssige muligheder, fx i forhold til at anvende ny teknologi og for nye forretningsmodeller. Det gælder bl.a. på boligmarkedet og i transportsektoren.
Hertil kommer at der ofte er stor usikkerhed om hvorvidt reguleringen faktisk virker i forhold til regelefterlevelse og de konkrete mål, der er opstillet. Bl.a. kan det være usikkert om de konkrete regulatoriske virkemidler er effektive til at sikre en adfærdsændring for at nå målene og balancere hensynene. Kompleksiteten i lovgivningen kan også være en hindring for, at reguleringen reelt fungerer og efterleves. Og omkostninger ved reguleringen kan både påvirke regulator, der skal føre tilsyn og kontrol med regelefterlevelsen, og den kan påvirke virksomhederne, der er omfattet af reguleringen, negativt.